Если вы установили PyDev, вам действительно нужно удалить его, чтобы получить Aptana Studio 3 (которая уже содержит версию PyDev) - перейдите, чтобы помочь> о> подробностях установки, щелкните плагин PyDev и выберите «удалить»(внизу).
Кроме того, вместо того, чтобы «проверять наличие обновлений», я бы порекомендовал вам помочь> установить новое программное обеспечение, отменить выбор «связаться со всеми сайтами обновлений, чтобы найти требуемое программное обеспечение», а затем ввестиСайт обновлений Aptana Studio 3 (поскольку там будет новая версия, она будет работать и обновлять только Aptana Studio 3 в этот момент).