Я делаю что-то подобное в моем проекте MVC: -
<connectionStrings>
<add name="db"
connectionString="Server=.;Database=NHCookbook;Trusted_Connection=SSPI;"/>
</connectionStrings>
Затем в проекте mvc я создаю свою фабрику сессий, как: -
var nhConfig = Fluently
.Configure()
.Database(MsSqlConfiguration.MsSql2008
.ConnectionString(c => c.FromConnectionStringWithKey("db"))
)
.Mappings(m => m.FluentMappings.AddFromAssemblyOf<AMODELCLASS>()
)
.BuildConfiguration();
sessionFactory = nhConfig.BuildSessionFactory();