Это как раз и есть цель IndexWrite # updateDocument .Первый аргумент - это термин, который должен быть уникальным в вашем индексе.
Например,
String id = "42";
Document doc = new Document();
Field field = new Field("id", id, Store.YES, Index.NOT_ANALYZED);
doc.add(field);
indexWriter.updateDocument(new Term("id", id), doc);
гарантирует, что doc
- единственный документ с идентификатором 42 в вашем индексе.