-msse
активирует генерацию инструкций SSE. Все 64-разрядные процессоры (x86-64) имеют их, но некоторые более старые 32-разрядные процессоры (IA-32) не имеют этих инструкций. Это причина для настроек GCC по умолчанию.
SSE
инструкции относятся к векторным операциям и с плавающей точкой. Учитывая, что возможности автоматической векторизации в коде общего назначения редки, единственное отличие, которое вы, вероятно, заметите, это использование плавающей запятой.
В 64-битном режиме, чтобы отключить инструкции SSE, используйте -mno-sse