Никвэйн ответ правильный.Просто убедитесь, что
builder.RegisterControllers(typeof(MvcApplication).Assembly).PropertiesAutowired();
после того, как все ваши зависимости зарегистрированы.Или, другими словами, прямо перед сборкой контейнера.
Таким образом, окончательный код будет выглядеть как
.
.
.
builder.RegisterControllers(typeof(MvcApplication).Assembly).PropertiesAutowired();
var container = builder.Build();