Полагаю, вам следует сменить владельца / группу владельцев файла.
Я думаю, что файл был написан под пользователем root или www-data или аналогичным пользователем (пользователь apache), и вы пытаетесь удалить его от другого пользователя?
, команда chown поможет.
sudo chown your_username:your_username
Однако, если вы можете запустить sudo, и я думаю, что вы можете, из-за изменения файлов perms,
просто беги
sudo rm path/to/file