Некоторое время назад у меня была похожая проблема с Magento PE.Одна вещь, которая помогла нам, - включить автоматическую индексацию.Под Admin -> System -> Index Management
Нажмите «Выбрать все» и выберите «Изменить режим индекса».Выберите «Обновление вручную» и нажмите «Отправить».
Снова зайдите в раздел Catalog -> Manage Categories
и перемещайте категории.Отойдите от страницы, затем вернитесь, чтобы убедиться, что они сохраняют свое местоположение.Снова перейдите на экран управления индексами и обновите все.
Когда я столкнулся с этой проблемой в PE, я включил ведение журнала запросов SQL.Похоже, что у Magento была гораздо меньшая активность в базе данных с индексами, установленными на «Обновление вручную», а не на «Обновление при сохранении».
hth