Если Biztalk не может определить тип сообщения (обычно идентифицируя корень xmlns #), сообщение будет приостановлено, и ваша целевая оркестровка не будет затронута.
Я не уверен, что вы подразумеваете под спецсимволами. Если документ не является допустимым XML, то вам нужно либо попросить исходную систему / партнера исправить его, либо в противном случае потребуется собственный конвейер для очистки данных в принимающем порту.
Если, однако, вы имеете в виду что-то вроде маркеров порядка байтов, BizTalk сможет их проанализировать. Проверьте, что вы выбрали XmlReceivePipeline на порту, может быть?