Я немного смущен вашим вопросом. Что неясно, так это то, важен ли для вас кросс-платформенный интерфейс. Если это так, то Java - победитель, если только вы не хотите использовать Mono. Остальная часть моего ответа предполагает, что кроссплатформенность не важна.
Это в значительной степени зависит от того, какую операционную систему, по вашему мнению, использует ваша клиентская база. На самом деле, JRE не предустановлен ни в одной операционной системе Windows, поэтому все установки JRE выполнялись вручную пользователем или другой установкой самой программы. .Net Framework предустановлен в нескольких версиях Windows.
- .Net Framework 1.1 W2K3
- .Net Fraemwork 2.0 Vista и выше
Что касается необработанных чисел, то я понятия не имею, что это такое или есть ли даже хорошие статистические данные для такого рода информации. Мое мнение заключается в том, что, учитывая ОС Windows, у вас гораздо больше шансов установить .Net, чем JRE. Только потому, что есть набор версий ОС, которые поставляются с ним предустановленными.