Добавить к классам тела HTML: "no_flash no_js". Они будут вашими по умолчанию, когда js и flash недоступны.
Тогда, когда у вас есть js, с его помощью удалите класс no_js.
С помощью js попробуйте определить flash и, если он присутствует, покажите flash else - js animation.