Вам нужно будет вставить изображения в SWF. Подробнее здесь.
Концептуально что-то вроде этого:
[Embed(source="images/logo.gif")]
[Bindable]
public var imgCls:Class;
В вашем MXML сделайте что-то подобное для доступа к нему:
<mx:Image id="myImageRaw" source="{imgCls}"/>
Однако ваш процесс компиляции не должен - я считаю - создавать папку с изображениями.Я подозреваю, что вы используете Flash Builder;который имеет возможность переместить «другие файлы» в папку bin-debug.Вы должны иметь возможность изменить это в свойствах проекта.Откройте страницу свойств Flex Compiler и отмените выбор «копировать не встроенные файлы в выходную папку».