Формат Excel основывается на строках, а не на столбцах - файл записывается с каждой ячейкой в строке по порядку, после чего следуют несколько бит информации о строке, затем по порядку ячейки следующей строки и т. Д.
Итак, если вы хотите сделать что-то по столбцам, вам нужно собрать клетки самостоятельно. Скорее всего, это будет что-то вроде:
int columnWanted = 3;
List<Cell> cells = new ArrayList<Cell>();
for (Row row : sheet) {
Cell c = row.getCell(columnWanted);
if (c == null || c.getCellType == Cell.CELL_TYPE_BLANK) {
// Nothing in the cell in this row, skip it
} else {
cells.add(c);
}
}
// Now use the cells array