Начиная с версии 2.2, теперь вы можете включить INDEX BY в свой оператор from. Если вы добавляете предложение from,
$qb->from($class, $alias, $indexBy);
Если у вас уже есть предложение from, которое вы хотите заменить, вы можете заменить его на:
$qb->add('from', new Expr\From($class, $alias, $indexBy), false);
Существует открытый запрос на извлечение, чтобы добавить его в функцию createQueryBuilder в репозитории, так что, надеюсь, это будет добавлено в ближайшее время.