У меня было то же сообщение об ошибке в Eclipse 3.4.1, SUN JVM1.6.0_07, подключенном к Tomcat 6.0 (работает в режиме отладки на другом компьютере, Sun JVM1.6.0_16, отладочное соединение работало правильно).
Окно -> Настройки -> Java -> Компилятор -> Генерация файла класса: «добавлены атрибуты номера строки в сгенерированный файл класса» проверено. Я сделал чистую, перекомпилировать. Я снял галочку, перекомпилировал, проверил, перекомпилировал. Я убедился, что проект использует глобальные настройки. Все то же сообщение.
Я перешел на сборку муравья, используя
<javac srcdir="./src/java" destdir="./bin" debug="true">
Тем не менее, то же сообщение.
Я не выяснил, что вызвало это сообщение и почему оно не исчезло. Хотя казалось, что это как-то связано с запущенным сеансом отладки Tomcat: при отключении перекомпиляция решает проблему. Но при подключении отладчика к Tomcat или при установке новых точек останова во время подключенного сеанса отладки он появился снова.
Однако оказалось, сообщение было неверным : я действительно смог отладить и установить точки останова как до, так и во время отладки ( javap -l тоже показывал номера строк ). Так что просто игнорируйте это:)