Как составить FM-индекс?

Question

Я пытаюсь скомпилировать FM-Index V2 , но получаю ошибки - как на Mac, так и на Linux:

make
make -C ./ds_ssort/; cp ./ds_ssort/ds_ssort.a .
make[1]: Entering directory `/storage1/maxwell/maasha/Install/src/fmindexV2/ds_ssort'
gcc -c -g -O3 -fomit-frame-pointer -W -Wall -Winline -DDEBUG=0 -DNDEBUG=1   shallow.c -o shallow.o
shallow.c: In function ‘shallow_mkq’:
shallow.c:90: error: nested function ‘vecswap2’ declared but never defined
shallow.c: In function ‘shallow_mkq16’:
shallow.c:184: error: nested function ‘vecswap2’ declared but never defined
shallow.c: In function ‘shallow_mkq32’:
shallow.c:262: error: nested function ‘vecswap2’ declared but never defined
shallow.c: In function ‘shallow_inssort_lcp’:
shallow.c:496: error: nested function ‘cmp_unrolled_shallow_lcp’ declared but never defined
make[1]: *** [shallow.o] Error 1
make[1]: Leaving directory `/storage1/maxwell/maasha/Install/src/fmindexV2/ds_ssort'
cp: cannot stat `./ds_ssort/ds_ssort.a': No such file or directory
make: *** [ds_ssortr] Error 1

Как решить эту проблему?Тарбол здесь:

http://pizzachili.di.unipi.it/indexes/FM-indexV2/fmindexV2.tgz

Answer 1

Я удалил строки в коде, который объявил функции. Это сработало для меня. После этого мне пришлось отредактировать make-файл и поставить флаг -lm для генерации исполняемых файлов.

Answer 2

Я смотрел на это некоторое время назад, поэтому моё воспоминание может быть неправильным, но я думаю, что код FM-индекса использует функции, определенные в одном из других кодов индекса.Взгляните на Индекс FM по длине пробега .Если его там нет, тыкай где-нибудь еще.Я почти уверен, что функции где-то определены.