Удалить индекс с помощью следующей команды,
$ rm -f .git/index
затем восстановите индекс до версии в последнем коммите:
$ git reset
Или вы можете использовать низкоуровневое (git read-tree) вместо git reset.
сделайте резервную копию, если хотите, перед удалением индекса