При использовании геометрической строки с «>» он должен сохранять пропорции / пропорции изображения, поэтому вы можете просто сделать:
mogrify -resize "1000x1000>" *.jpg
Таким образом, вы явно ограничиваете изображение не более 1000x1000 пикселей и сохраняете текущее соотношение сторон изображения.