Службы Windows работают все время, и, поскольку у вас есть данные базы данных, содержащиеся в каком-то файле конфигурации, вы можете прочитать строку подключения оттуда.
При структурировании кода служба ничем не отличаетсяиз консольной программы, кроме тех битов, которые необходимы для установки ServiceManager.
Итак, структурируйте код так, чтобы основная логика была независимой от базы данных, т.е. ему не важно, что находится за пределами интерфейса уровня данных, только что он знает, что такое интерфейс.
Проверьте репозиторий и фабричные шаблоны,Это поможет.Затем вы можете создать конкретный экземпляр правильного класса базы данных во время выполнения, прочитав, что говорит файл конфигурации.
Помните, что служба всегда будет работать (если не настроено на ручное срабатывание), и она сможеттихо завершить работу, если он не находит файл конфигурации.