Если вы не выбрали Allow this precompiled site to be updatable, то мастер-страницы не появятся в вашем исходном коде, так как они скомпилированы в папку bin в виде .dll файлов.
Если вы откроете какой-либо файл .aspxфайл, который вы увидите, что содержимое просто:
This is a marker file generated by the precompilation tool, and should not be deleted!
Если вам нужно иметь возможность редактировать код разметки в опубликованной версии сайта, убедитесь, что при публикации выбран Allow this precompiled site to be updatable.