Без wmode=transparent
, я думаю, вам не повезло с позиционированием HTML поверх SWF.
Однако, если вы готовы скрыть вспышку, возможно, вы можете попробовать расположить вспышку на экране с помощью CSS position:absolute;left:-99999px
, чтобы получить тот же эффект.