Недавно была где-то ветка о нескольких версиях - одна из репозитория apt-get, другая в /usr/local.Попытайтесь найти это ...
В противном случае, я сверну 2.14.1 в пятницу утром, Майкл сделает свое волшебство, и репо будет иметь очень скоро пакеты .deb 2.14.1, иногда в пределахдень.
Наконец, вы можете увидеть, какие флаги используются, получив источники пакетов, для которых вы просто делаете apt-get source r-base (и это работает для любого пакета Debian / Ubuntu таким образом, если у вас есть ссылки на источники в apt 's file.
Редактировать: Кстати, относительно аспекта '64-bit 'вашего вопроса: Нада. Мы не делаем ничего по-другому. Это "просто" хостОС более щедра к ресурсам, но R находит все, что ей нужно знать самостоятельно, с помощью логики configure и т. Д.