Когда файл игнорируется git, он просто исключается, когда вы выполняете рекурсив git add. Но git никогда не будет перезаписывать файл в хранилище, если он не отслеживается (принцип наименьшего удивления). Игнорируемый файл может быть дорогим (время, ...) для генерации.
Однако, даже если файл игнорируется, кто-то может зафиксировать файл с тем же именем (либо с помощью git add -f, либо потому, что он изменил файл .gitignore в той же фиксации).
Таким образом, если файл был неправильно добавлен в коммит, вы можете переписать историю, чтобы удалить его (если репозиторий не был предоставлен в общий доступ), вы можете создать новый коммит, который удалит файл в другой ветке, а затем объединить или вы можете удалить локальный файл, объединить и восстановить локальный файл.