Если вы создаете редактор карт, то, я думаю, у вас будет много небольших изображений для обработки, и в этом случае может быть хорошей идеей сохранить их в виде файла ресурсов, хотя у вас может быть больше возможностей для измененияих, если вы храните их внешне в папке.
Как только изображения загружены, я бы предположил, что вы захотите сохранить их в некоторой форме иерархической структуры, если это также для редактора карт, связанного с объектомиз которых они представляют.
Если вы планируете выполнять какую-либо обработку больших изображений, исследуйте использование Bitmap.LockBits (), так как это будет гораздо более эффективным.http://msdn.microsoft.com/en-us/library/5ey6h79d.aspx
Использование ресурсов: Загрузка изображения из области ресурсов проекта в C #
Загрузка изображений из файла: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/4sahykhd.aspx