Я бы сказал, что пытаться переключить то, что вы описали, на фреймворк, это плохая идея и может привести к некоторым хакерским работам, чтобы убедиться, что все работает. Мое предложение было бы начать с нуля.
Если бы вы начали с нуля, вы могли бы оставить то, что в данный момент работает, нетронутым, а после завершения нового приложения загрузить его, не прерывая работу.
Если вам действительно нужно начать добавлять новые функции, я бы посмотрел на добавление компонентов (таких как компоненты Symfony2), а не на добавление всего фреймворка. Добавьте его в репозиторий git и работайте над веткой разработчика, чтобы пользователи не могли видеть никаких изменений, пока вы не объединитесь с (рабочими) изменениями.