Различия, которые вы видите, скорее всего, связаны с тем, что веб-сервер предоставляет разный контент различным браузерам на основе строки пользовательского агента и других заголовков запросов.
Попробуйте установить заголовок User-Agent
в ваших сокетах и стратегии HtmlUnit для того, с которым вы сравниваете, и посмотрите, будет ли результат ожидаемым. Более того, вам, вероятно, придется копировать заголовки запросов в точности так, как они отправляются вашим целевым браузером.