Если предположить, что входные данные всегда будут выглядеть точно так же, как в вашем примере, и только цифры 002
могут изменяться как последовательность из трех или четырех цифр, это будет работать:
public static String getDigits(String input) {
Pattern p = Pattern.compile("RMK\\s+NDN\\s+(\\d{3,4})\\s+SFDSFDF");
Matcher m = p.matcher(input);
return (m.find()) ? m.group(1) : null;
}