Оказывается, есть опция для pythondotnet, где вам не нужно заменять exe.Это кратко упомянуто в разделе «Начало работы» здесь: http://pythonnet.github.io/readme
Это позволяет затем выполнить установку без стека (изменение exe-файла) и при этом получить функциональность pythondotnet.
Файлы clr.pyd и Python.Runtime.dll в итоге копируются в каталог Python27 / DLLs вместо того, чтобы копировать оба этих файла и измененный python.exe в корневой каталог установки python.
Это всесделано с x86, кстати ... поддержка x64 работает для pythondotnet, но не может заставить работать поддержку x64 без стеков ... заставил интерпретатор x64 работать после сборки из исходного кода, но библиотеки типа numpy оказались поврежденными.