У меня был точно такой же опыт с моей реализацией FOS UserBundle, и я обнаружил, что смог решить проблему, удалив папку MyBundle \ Resources \ config \ doctrine.
Я не полностью понимаю причину (новичок), но думаю, что проблема заключается в том, что содержимое базы данных построено в разных направлениях, то есть из сущностей доктрины, и путем обратного проектирования некоторых таблиц.