Элементы управления по умолчанию в sharepoint относятся к семейству сайтов.
Если вы создаете разные семейства сайтов, элементы управления навигацией не будут отображать ссылки на сайты отделов. Однако вы можете настроить элементы управления навигацией.
Это решение должно зависеть не от навигации, а от технических требований, будет ли в каждом отделе много пользователей? много одновременных пользователей? много данных?
Помните, что одно веб-приложение может иметь несколько семейств сайтов, но база данных Sharepoint создается для каждого веб-приложения, а не для семейства сайтов.
Для всплывающего меню вы должны сделать это самостоятельно, вам нужно создать веб-часть меню и заменить существующую, вам нужно настроить главную страницу, прокомментировать веб-части, относящиеся к меню, и поставить свою там.