AFAIK, это невозможно - но я действительно считаю, что это по сути инструмент оптимизации и моментального снимка. После того как Bundler разрешит все версии, необходимые для вашего набора гемов, он запишет дерево зависимостей в Gemfile.lock, чтобы вы точно знали, с каким набором вы работаете. Я полагаю, что вы можете просто удалить файл Gemfile.lock, но тогда вам потребуется, чтобы Bundler каждый раз заново выполнял разрешение зависимостей, и, если версии зависимостей меняются, вы можете обнаружить, что ваши зависимости испорчены, потому что у вас нет снимка (замок) известного рабочего состояния.
Другими словами, если вы довольны текущим состоянием, Gemfile.lock запишет ваше состояние, чтобы вы знали, с чем имеете дело - но я не думаю, что требуется для компоновщика сделать свою вещь управления зависимостями. Ударь его, если не хочешь.