LEFT JOIN, в частности JOIN, поддерживаются только в инструкциях UPDATE MySQL. DQL абстрагирует подмножество общих ANSI SQL, так что это невозможно. Попробуйте с помощью выбора:
UPDATE MyDemoBundle:Category c SET c.isActive = false WHERE ?1 MEMBER OF c.projects;
(MEMBER OF фактически превращается здесь в подвыбор). Я не уверен на 100%, работает ли это, но это скорее похоже на объединение.