Существует множество библиотек для программного обновления KML. Мой любимый сейчас pyKML , но есть также libkml и ряд других. Или так же просто, KML - это просто разметка XML, поэтому все библиотеки, которые у вас есть для чтения / записи XML, работают нормально.
Если вы спрашиваете, можно ли это сделать через API Карт Google, нет, это невозможно. Рендеринг KML происходит на стороне сервера, и вы не получаете доступ на запись к объекту KML через KMLLayer.