Вы изучили различия между бывшими? Я подозреваю, что компилятор / компоновщик вставляет дату или время в двоичный файл, и в результате каждый двоичный файл будет отличаться от другого. Или может быть и хуже, иногда компиляторы / компоновщики создают статические таблицы в своей собственной системной памяти, а затем копируют это в двоичный файл, скажем, у вас есть 9 байтов чего-то, и по причинам выравнивания компилятор выбирает использовать 12 байт в двоичном коде, я видел компиляторы / компоновщики берут все 3 байта в системной памяти этого компьютера и копируют их в файл. В идеале вы хотели бы, чтобы инструменты обнуляли память, которую они используют для такой вещи, чтобы вы получали повторяемые результаты.
Обычно делайте двоичные различия между файлами, после чего вы должны выяснить, почему они не совпадают.