Сообщение об ошибке о Biostrings

Question

Я использую код, где в какой-то момент у меня что-то подобное

anna <- DNAStringSet()
for (chr in c(paste('chr',seq(1,22),sep=''),'chrX','chrY')){
.
.
.
anna.view<-DNAStringSet(Views(unmasked(Hsapiens[[chr]])
.
anna<-append(anna,anna.view)
}
gc()
}
anna

library(rGADEM)
gadem <- GADEM(anna, genome = Hsapiens)

Warning message:
Using XStringViews() on a character vector is deprecated.
Please use instead something like:
  as(DNAStringSet(x)), "Views")
if you really want views, otherwise just:
  DNAStringSet(x)

Что означает это сообщение?Нужно ли что-то менять в моем коде, или продолжить безопасно?

Answer 1

Предупреждение о том, что XStringViews является устаревшим , предупреждает вас о том, что вы можете использовать эту функцию, хотя она не рекомендуется, поскольку существует лучшая альтернатива (альтернативы предлагаются в предупреждении).Тем не менее, вы все еще можете использовать функцию.

Я думаю, что код, который генерирует предупреждение, происходит из функции в пакете.Но без воспроизводимого примера это трудно сказать.Если предупреждение генерируется из пакета, обновите его до последней версии, чтобы увидеть, устраняет ли это проблему (хотя пакет не выглядит как активно поддерживаемый).Кроме того, вы можете отправить письмо сопровождающему пакета и сообщить об этой проблеме.

Суть в том, что вы все равно можете использовать пакет в своих исследованиях, предупреждение относится к чисто технической проблеме программного обеспечения.Однако нет гарантии, что код будет работать в новых версиях R или Bioconductor, поскольку устаревший код имеет тенденцию к удалению в какой-то момент.