Никогда еще не видел ничего подобного, но ориентация клавиатуры, кажется, связана с ориентацией строки состояния, поэтому это может решить проблему
// This Controls KEYBOARD orientation even if you have the status bar hidden
//
[[UIApplication sharedApplication] setStatusBarOrientation:UIInterfaceOrientationPortrait animated:NO];