.c файлы - это просто исходный код.Вам нужно, чтобы они были скомпилированы для соответствующего компьютера, упакованы в библиотеку общих объектов, а затем на них ссылаются нативные методы в классе Java-оболочки.
В руководстве по JNI есть вся информация,необходимость, хотя в ней не говорится подробно о стороне, отличной от Java, поскольку большинство людей, занимающихся этим, уже знают о программировании на C и создании библиотек совместно используемых объектов.