Я так не думаю. Фактически, в более поздних версиях они добавили функции в менеджер проектов, чтобы упростить борьбу с тем фактом, что код распространяется по разным каталогам (например, с помощью параметра flatten directoryies), поэтому я считаю, что это сколько людей организуют свой код.
Я подозреваю, что это больше связано с проектами, органически развивающимися с течением времени, и с тем, потратит ли кто-нибудь время, чтобы привести в порядок.