Я столкнулся с той же проблемой, за исключением того, что принятое решение не применимо, поскольку все проекты в моем решении были настроены на создание всех соответствующих конфигураций.
В итоге я очень внимательно посмотрел намой файл sln и заметил губительную ошибку слияния, которая мешала MSBuild создать Project2:
Project("{Guid1}") = "Project1", "Project1\Project1.csproj", "{Guid2}"
Project("{Guid1}") = "Project2", "Project2\Project2.csproj", "{Guid3}"
EndProject
При слиянии после моего последнего git rebase
я случайно отрубил EndProject
.Добавление его обратно в исправленную проблему, например так:
Project("{Guid1}") = "Project1", "Project1\Project1.csproj", "{Guid2}"
EndProject
Project("{Guid1}") = "Project2", "Project2\Project2.csproj", "{Guid3}"
EndProject
(я использовал Visual Studio 2015)