Что бы ни случилось, если вы разрабатываете для нескольких платформ, вам придется копировать с того, что вы разрабатываете, на дополнительную (ые) платформу (ы), создавать ее и запускать свои тесты.
Лучше всего автоматизировать как можно больше (для обеих сред) и создать сборочного бота, который следит за новым кодом в центральном репозитории (вы используете контроль версий).не так ли?).
Если версия для Windows доставляет вам больше всего хлопот, то почему бы не заняться разработкой под Windows и не настроить сборочного бота на вашем компьютере с Linux?