Просто замените MapperRegistry.AllMappers новым списком.Вот значение по умолчанию:
public static Func<IEnumerable<IObjectMapper>> AllMappers = () => new IObjectMapper[]
{
new DataReaderMapper(),
new TypeMapMapper(TypeMapObjectMapperRegistry.AllMappers()),
new StringMapper(),
new FlagsEnumMapper(),
new EnumMapper(),
new ArrayMapper(),
new EnumerableToDictionaryMapper(),
new DictionaryMapper(),
new ListSourceMapper(),
new ReadOnlyCollectionMapper(),
new CollectionMapper(),
new EnumerableMapper(),
new AssignableMapper(),
new TypeConverterMapper(),
new NullableMapper()
};
Вы бы взяли этот Func и заменили его чем-то другим, с этим набором кода в качестве отправной точки.
Не самая красивая вещь в мире, но, по крайней мере, это возможно.