Вы можете использовать другую платформу .NET из Visual Studio 2010 или из msbuild. Проект сборки может быть настроен на .NET 2.0, .NET 3.5 и .NET 4.
Это, как говорится, если это тот же проект, нет никакой реальной причины для этого. Если в версии .NET 4 не добавлены дополнительные функции, нет никаких оснований не просто ориентироваться на .NET 2 и создавать единое развертывание, поскольку его можно без проблем использовать в проектах .NET 3.5 и .NET 4.
Я бы порекомендовал установить Visual Studio 2010, так как это даст вам версию msbuild, которая может работать со всеми 3 средами.
К сожалению, если вы ориентируетесь на .NET 1.1 (2003), для этого потребуется отдельная сборка, а более новые версии Visual Studio поддерживают только .NET 2.0 +.