LaTeX идеально подходит для объединения его для мерзавца. Но если вы не можете позволить себе время «перевести» все на LaTeX, я думаю, что отличным вариантом, который соответствует вашим потребностям, является использование LibreOffice и сохранение файлов в формате .fodt (Open Document Text - Flat XML). Эти файлы представляют собой несжатый XML, поэтому вы можете использовать всю мощь git, так как вы можете видеть добавление и изменения в строке документа на строку.
Это сделает объединение легкой задачей. Даже двоичные файлы (например, когда вы включаете изображение) будут встроены в документ и показаны в виде текста. Конечно, вы не можете манипулировать ими оттуда, но вы можете удалить весь тег или отредактировать атрибуты с помощью самого простого текстового редактора.