Я бы посоветовал не допускать версий файлов для конкретных проектов IDE. У меня есть несколько проектов Android, где я использую Intellij IDEA и Eclipse взаимозаменяемо, и они, кажется, хорошо играют друг с другом.
Вот что у меня есть в репозитории git:
.gitignore
AndroidManifest.xml
ant.properties
build.xml
proguard.cfg
project.properties
res/ folder
src/ folder