Почему бы не иметь скрипт, который выполняется прямо перед развертыванием веб-службы и выполняет что-то вроде:
create database `database_name`;
use `database_name`;
create table `table_name ... etc`
Делаете ли вы это в Linux или Windows, это неважно, синтаксис в том, что касается MySQL, одинаков; единственная разница будет в том, есть ли у вас это в командном файле или в скрипте оболочки (если вы используете Linux или Unix).
Ваша Java-программа не должна быть вовлечена в это, если только нет другой причины, по которой вы не говорите нам. Но если это так; Вы можете отправлять эти команды SQL в MySQL из вашей Java-программы и иметь логику для их выполнения, только если база данных и таблица еще не существуют. Очевидно, вам нужно сделать это только один раз, когда ваше приложение запускается, но, опять же, вы не предоставили достаточно информации.