Загрузите каждую отсортированную таблицу в Perl полностью, затем запустите Алгоритм: Diff в двух списках.В конце вы получите хороший список удаляемых строк и вставляемых строк.Некоторые строки могут быть удалены и повторно вставлены (если у вас есть внешние ключи, висящие на этих строках, вам нужно будет обновить, а не удалить / вставить).
700 000 строк - это не много данных на современноммашин, ни много памяти.
Если вам нужно только существование строк (то есть строк существует или нет, а не фактических изменений строк), вы можете просто сделать diff для ключей, а затем извлечьнужные вам строки оттуда.