Вы должны инициализировать сумму перед циклом while:
sum=0
Вам нужно обрезать строку, которую вы читаете:
valindex=`echo $line|cut -d "," -f 3`
Вам нужен пробел до и после плюса вexpr:
sum=`expr $sum + $valindex`
В качестве альтернативы используйте awk.Это намного проще:
awk -F, '{SUM+=$3} END{print SUM}' $FILE