Это когда приложение загружено? Что если вы выйдете из приложения, javascript прекратит выполнение, а затем вернется и javascript снова начнет работать - он снова запускается?
Нет, он запускается только при запуске приложения и загрузке PhoneGap. Если вы выйдете из приложения, произойдет событие паузы. Когда вы вернетесь в приложение, сработает событие возобновления.
http://docs.phonegap.com/en/1.2.0/phonegap_events_events.md.html#Events