Я не эксперт SBT, но, похоже, это неправильная функция.
> run
интерпретирует все после него как аргументы файла. #>
кажется частью библиотеки sbt, для использования внутри файлов sbt вашего проекта, а не по их приглашению.
Обойдя это, я выхожу из sbt и использую свою внешнюю оболочку для этого:
$ sbt "run" > run_output.txt