Координаты конечных точек этой линии (0,5, 0) и (0,5, 1) в координатах оси:
from matplotlib.lines import Line2D
from matplotlib import pyplot
f=pyplot.figure()
a=f.add_subplot(111)
a.plot([3,1,4,1,5,9,2], color='k') # so you have some content
a.add_line(Line2D([0.5, 0.5], [0, 1], transform=a.transAxes,
linewidth=2, color='b'))
pyplot.show()