У меня был хороший опыт работы с Weka - На мой взгляд, одна из лучших и почти наверняка наиболее полных библиотек машинного обучения общего назначения.
Вы, конечно, можете сделать BPTT с Weka - вы можете найти готовый классификатор, который делает то, что вам нужно, но даже если нет, вы можете просто объединить несколько нормальных единиц обратного распространения в соответствии с очень хорошей статьей в Википедии о BPTT